La institución fue fundada por el Licenciado Pedro Claver Villadiego Hernández y su esposa Mary Hamón de Villadiego, también educadora. El profesor Pedro Villadiego fue instructor del SENA durante 15 años, su experiencia adquirida lo motivó a iniciar labores en el año 1981, en el local ubicado en la calle 25 No. 3-23 3er piso. Iniciamos con el programa de Secretariado General y Auxiliar Contable con el sistema de complementación, el cual duraba un año, según la metodología SENA.
La Fundación Academia Sinú continúa con el proceso de formación de hombres y mujeres, proceso en el cual se han tenido que re-estructurar y ajustar los programas de acuerdo a las necesidades reales de los sectores económicos de nuestra ciudad y el departamento, y de las exigencias de la normatividad colombiana en el sector de la educación; de esta forma hemos diseñado los programas por competencias de: Técnico Laboral Asistente Administrativo, Técnico Laboral Asistente Contable y Financiero, Técnico Laboral Agente Contact Center, Técnico Laboral en Sistemas, Técnico laboral en Atención Integral a la primera infancia, Técnico Laboral Ejecutivo de Ventas, Conocimientos Académicos en Ingles, Cursos de Call Center, Informática Básica y Avanzada, Cursos en el Manejo de Software Contable.
Durante los años siguientes seguimos ampliando el número de programas de acuerdo a las exigencias en el mercado laboral, es así como se empezaron a ofrecer programas integrados como el de Secretariado Auxiliar Contable. En el año de 1991 se inició la era de los computadores, la Fundación Academia Sinú fue la primera institución, después del SENA que adquirió computadores e introdujo esa asignatura en todos los programas, ampliando el Secretariado Ejecutivo Computarizado a nivel técnico, Análisis y Programación de Sistemas, Técnico en Contabilidad Sistematizada, Operador de Computadores, etc.